I samarbejde med de øvrige arkæologifag, socialantropologi, religionsvidenskab og historie er der hidtil bedrevet forskning i krig og krigerskab, globalisering og identitet, magt og dominans, religion og ritualer samt landskab og natursyn i forhistorisk og protohistorisk tid.
I samarbejde med naturvidenskab er der lavet undersøgelser af økonomi og dagligt liv set i lyset af klima og naturressourcer.
Arkæologien ved Afdelingen er ofte tværgående med berøringsflader til andre fag inden for humaniora og naturvidenskab.
Der forskes i disse år bredt i fortiden, som ofte viser sig at være meget anderledes end vores egen tid.
Den globaliserede verdensorden sætter stiller nye krav til arkæologien som et centralt akademisk fag i rekonstruktionen af fortiden gennem den materielle kulturarv, og et link til identitetsdannelse i samtiden er måske uomgængelig. Forhistoriske samfund var imidlertid sjældent sammenfaldende med nutidige nationer, og det giver derfor ikke ubetinget mening at tale om f.eks. ’dansk forhistorie’.
Det er væsentlig at forholde sig kritisk til fagets egen videnskabspraksis og dets nytteværdi for samtiden.
Afdelingens forskere bestræber sig bl.a. på at fremme den arkæologiske metodeudvikling og på at evaluere teorier om materiel kultur og samfund.